Qute Mol
Pada
pembahasan kali ini, saya akan membahas tentang aplikasi kimia yang
dapat dijalankan pada sistem operasi berbasis linux ini, salah satunya
adalah aplikasi qutemol.
Qutemol
merupakan salahsatu aplikasi kimia yang cukup menarik untuk dipelajari
di linux. Aplikasi ini merupakan aplikasi gratis dan open source yang yang cukup menarik dan interaktif dalam menampilkan sistem visualisasi molekular.
Aplikasi
ini menawarkan berbagai efek visual yang inovatif sesuai dengan
keinginan serta pilihan dimana teknik visualisasi ini ditujukan untuk
meningkatkan kejelasan serta pemahaman pada pengamatan struktur molekul
secara luas sehingga kita akan lebih mudah dalam memahami visual
molekul yang akan diamati dalam bentuk 3D dengan bantuan aplikasi ini.
1. Dalam melakukan pengamatan visual pada aplikasi ini terlebih dulu kita harus mencari file .pdb
dan .vdb dari molekul yang akan kita amati. Hal ini dikarena aplikasi
qutemol hanya dapat bekerja dengan dua jenis ekstensi file ini (.pdb dan
.vdb). sementara langkah-langkah pengguanaan aplikasi ini adalah
sebagai berikut :1. Buka aplikasi Qutemol. Pada tampilan awal, aplikasi
ini akan memberikan tampilan seperti pada gambar berikut:
2. Klik ikon browse seperti pada gambar dibawah ini untuk memasukkan file dengan format .pdb yang merupakan file molekul yang akan diamati.
3. Pilih file yang akan diamati lalu klik OK. Sebagai contoh pada pembahasan kali ini saya akan mengguna kan file H2O.pdb
4. Untuk melakukan pengamatan, bentuk molekul dapat dipilih dan disesuaikan dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk diamati yakni dengan memilih beberapa opsi pada menu bagian kanan dari jendela aplikasi qutemol.
5. Pada
tab preset kita dapat mengatur bentuk molekul yang kita amati sesuai
dengan keinginan untuk memperoleh visual yang benar-benar jelas untuk
diamati. caranya adalah dengan memilik (klik) menu-menu yang ada pada
tab preset, maka bentuk molekul akan berubah-ubah sesuai dengan pilihan.
Berikut adalah beberapa contohnya yakni pada pilihan ‘Molecule of the Month‘, ‘Direct Light Only’, dan ‘Simulated S.E.M. 1′ .
6. Selanjutnya pada tab Geometry kita akan menemukan beberapa menu untuk merubah tampilan molekul dengan pilihan ‘Space Fill’,’Licorice’, dan ‘Balls’n’Sticks’.
7. Pada tab customize kita dapat menyesuaikan bentuk molekiul yang akan diamati dengan lebih spesifik dimana pada tab ini kita dapat mengatur warna molekul, background, saturasi, kecerahan, ketajaman dan pilihan lainnya.
8. Selanjutnya, selain berfungsi sebagai aplikasi visualisasi, aplikasi ini juga dapat untuk mencapture gambar molekul yang diamati, yakni dengan cara klik ikon capture sepererti pada gambar dibawah ini.
9. Pilih lokasi penyimpanan lalu tunggu dan molekul yang kita amati akan tersimpan dalam bentuk file gambar .png
Selamat mencoba...
Semoga bermanfaat.... :)
0 Comments:
Posting Komentar