TUTORIAL APLIKASI KALZIUM

Tutorial Kalzium

Kalzium adalah aplikasi kimia yang digunakan dalam linux yang berisi informasi tentang karakteristik dari unsur-unsur kimia dalam tabel periodik seperti nomor massa, nomor atom, energi, model atom, energy ionisasi, dan semua yang menjadi karakteristik dari suatu unsur tersebut.

Tampilannya :

Kalzium dapat menampilakan berbagai bentuk dari Periodic Table, caranya tinggalmemilih   icon yang berisikan pilihan Classic, Short, Long, Transition, atau juga DZ Periodik Table. 

         Disini saya memilih tampilan Long Periodic Table, selain itu kita juga bisa menggunakan fitur Scheme untuk memilih tampilan dari periodic table, seperti pilihan Icon yang disertai dengan gambar contoh dalam kehidupan.

Selain itu kita juga dapat memilih fitur Gradient yang dapat menampilkan gradiasi warna dari Periodic Table tersebut

Bagi anda yang ingin mengetahui melting point, boiling point, dll dapat melihatnya dengan mengklik salah satu unsur yang dikehendaki. Disini saya mencoba untuk melihat karakteristik dari unsur Li 

Untuk melihat model atomnya dengan cara klik atom model, seperti berikut:

Kita bisa melihat unsur-unsur lain hanya dengan cara klik icon pilihan Previous :

Jika anda mengetahui manfaat lebih dari aplikasi kimia ini kita bisa memilih fiturtool Plot Data.  

         Untuk menuju tool Plot Data, klik menu Tool dan  pilih Plot Data. Pada tool  ini dapat dilakukan pem-plot-an antara sumbu X dan Y (dalam sebuah grafik) beberapa sifat periodik unsur untuk melihat kecenderungan suatu unsur.

Bagian sumbu X dan Y terdapat nomor atom (Atomic Number), massa atom (Mass), elektronegatifitas (Electronegativity), titik lebur (Melting Point), titik didih (Boiling Point), jari-jari atom (Atomic Radius), dan jari-jari kovalen (Covalent Radius).

       Sebelum melakukan pem-plot-an tentukan terlebih dahulu First element dan Last element dengan mengetikan angka atau menekan tanda panah atas-bawah. Atur juga bagian Display (Tampilan), apakah kita ingin menampilkan label (nama unsur atau simbol unsur) pada titik-titik plot atau dibiarkan kosong tanpa label.

        Pokok bahasan yang bisa memanfaatkan Plot Data ini antara lain:

• Sistem periodik unsur (sifat periodik unsur). Di sini kita bisa mempelajari tentang berbagai kecenderungan unsur dengan naiknya nomor atom, atau dalam jenis unsur tertentu (logam-non logam, masing-masing blok, golongan)
• Ikatan kimia (ikatan ion, ikatan kovalen, ikatan logam). Bahasan ikatan kimia bisa memanfaatkan data elektronegativitas untuk menentukan kemungkinan suatu unsur membentuk ikatan dengan unsur lainnya. Apakah mereka akan membentuk ikatan ion, ikatan kovalen, atau ikatan logam.
• Kimia unsur (kelimpahan unsur). Beberapa karakteristik unsur juga bisa dipelajari dengan menggunakan plot data Kalzium ini.
• Pokok bahasan lain yang memerlukan plot data unsur-unsur.

Read More»

TUTORIAL APLIKASI BKCHEM

BKChem adalah software Ubuntu untuk pelajaran kimia yang dikemas dengan fitur. Mendukung, menurut tim pengembang website: gambar ikatan molekul, panjang ikatan dan pembatasan sudut untuk membantu dengan gambar, siap untuk menggunakan template umum, mendukung warna, grafik vektor sederhana (persegi panjang, lingkaran, poligon, dan lain – lain) serta lainnya.
Mengedit juga mudah dengan kemampuan unlimited undo dan redo, menyelaraskan, scaling, rotasi (2D, 3D), menyelaraskan molekul, rotasi fragmen molekul , definisi dari gambar (panjang ikatan, lebar, warna).
BKChem memiliki kemampuan ekspor untuk SVG (data asli secara transparan tertanam ke dalam file SVG), OpenOffice Draw format, ODF (OpenOffice 2.0), Encapsulated PostScript, PDF, PNG, dukungan dasar untuk kedua CML1 dan CML2, Molfiles dan generasi SMILES. Dapat juga mengimpor CML1 dan CML2, Molfiles, SMILES (subset) dan inchi (subset). BkChem diterjemahkan dalam bahasa Inggris, Perancis, Ceko, Polandia, Jerman dan terjemahan Tradisional Cina.

Untuk lebih lengkapnya, mari ikuti langkah-langkah di bawah ini..

1. Buka aplikasi BKchem

There are 5 main sections: Main menu, Action menu, Text line with its buttons, Drawing section and Status bar section. 

  Maka, nanti akan muncul tampilan seperti ini..!

2.  A square at the end of a bond indicates possibility of joining another bond, or typing chemical formula on keyboard, which is then placed instead of a square.

3. One of the basic functions of every program-UNDO, is available in edit menu or by

 CTRL-Z shortcut

 4. After choosing object-scale, you can change a size of an object. Three useful options are available

5. There´s a bond symbol in action menu, but a bond could be drawn several ways. Colour squares   indicates:Green:Angle between 2 bonds; Red:bond order; Blue:Style; Yellow:Fixed/Nonfixed length

6. These are the basic shortcuts, it will be usable in almost every / every editor

Read More»

CARA MENGINSTAL APLIKASI PADA LINUX

UNTUK MENGINSTAL APLIKASI PADA LINUX ADA 3 CARA YAITU

A. Menggunakan Terminal

1.   ketik cd spasi/etc/apt/

2.  kemudian sudo gedit sources.list
akan muncul pasword: paswod ini adalah pasword linux anda( paswoed tidak akan terlihat, maka hati-hati memasukan pasword anda)

3.  jika anda ingin terhubung dengan repo unnes, ganti http: ..........co.id (yg ada pada masing-masing layar anda) dengan http://repo.unnes.ac.id/repo/
jika sudah terhubung dengan repo unnes , Anda tidak perlu melakukan perubahan(cara mengganti= search kemudian replace)

4.  lanjutkan dengan mengetik sudo-apt-get-update

5.  menginstal aplikasi yang anda inginkan, misalnya Avogadro

 ketik sudo apt insatall avogadro (lalu tekantombol enter)

B. Menggunakan Synaptic

1. klik administration

2. kemudian pilih synaptic packed manager
3. pilih science( untuk aplikasi tentang science)
4. pilih yang kotak warna putih( artinya belum diinstal)
5. klik kanan(mark for installation)
6. klik apply

C. Menggunakan Software Center
1. jika software center anda belum ada di dekstop maka
masuk ke terminal ketik sudo apt-get install software-center
2. pilih science( untuk aplikasi science)
3. ketik applikasi yang anda inginkan lalu klik install

Read More»

TUTORIAL APLIKASI JMOL

Jmol adalah aplikasi kimia yang digunakan di linux yang memungkinkan kita untuk membuat animasi senyawa-senyawa kimia sehingga dapat memudahkan kita dalam pembelajaran kimia. Kimia merupakan materi yang banyak berhubungan dengan mengkhayal, maksudnya mengkhayal bentuk-bentuk molekul, oleh karena itu kita butuh aplikasi yang dapat memvisualisasikannya sehingga lebih mudah untuk dipelajari.

Berikut tampilan awalnya :

Untuk lebih mudah yuukk kita langsung mengaplikasikannya saja, langsung saja kita praktikan…

             Saya akan membuat molekul sederhana pentana yang pastinya semua tahu molekul ini, pertama kita hanya klik icon berwarna biru putih di tampilan seperti di atas sebanyak yang kita inginkan, disini saya klik sebanyak 5 kali.

Jika kita ingin megubah salah satu atomnya untuk menjadi molekul lain kita hanya tinggal klik kanan pada molekul tersebut, kemudian klik icon paling atas dan pilih sesuai dengan yang dikehendaki, disini akan mengubahnya menjadi klorobutana :

Kita juga dapat memutar molekul tersebut agar terlihat dari sisi mana saja dengan menu icon yang berwarna hijau seperti di bawah ini :

Anda juga dapat melihatnya dengan tampilan yang menarik dengan mengubahnya ke bentuk Van der Walls surface, caranya hanya dengan klik kanan pada layer tersebut → surface → Van der walls surface :

Selain itu kita juga dapat membuat molekul tersebut berputar sesuai arah spinnya,

 dengan cara : klik kanan kemudian pilih spin dan kemudian klik on…

 tampilannya seperti di bawah :

Kita juga dapat melihat tampilannya dalam bentuk molekuler surface dengan cara     

klik kanan kemudian surface dan pilih molekuler surface :

Apabila anda ingin melihat molekul lengkap dengan sumbunya maka anda hanya tinggal klik display kemudian Axes : 

Selain itu kita juga dapat mengetahui nama, ataupun simbol dari molekul tersebut dengan klik display dan kemudian atom, setelah itu pilih sesuai keinginan…

Read More»

CARA MENGGUNAKAN APLIKASI AVOGADRO

Avogadro adalah software kimia gratis, open source, tersedia dalam berbagai paltform sistem operasi merupakan editor molekul yang dirancang untuk digunakan secara fleksibel dalam kimia komputasi, pemodelan molekul, bioinformatika, ilmu material, dan bidang terkait lainnya. Avogadro yang tersedia dapat dijalankan pada sistem Windows, Linux, dan Mac OS X. Kode sumber sumber tersedia di bawah GPL GNU. Menurut saya aplikasi ini sangat bagus dengan kelebihan ukuran filenya sangat kecil (tidak lebih dari 10 MB). Tampilan yang bagus dan sudah bisa dihandle oleh perangkat keras kebanyakan sekarang.

Apa yang dapat dilakukan Avogadro?

• Dapat melakukan pengunduhan secara langsung dari PDB (protein data bank) atau PubChem (database dari molekul kimia dan aktivitasnya terhadap uji biologis)
• Inovatif “auto-optimation”, alat yang memungkinkan Anda untuk terus membangun dan memodifikasi, selama optimasi mekanika molekular.
• Antarmuka untuk banyak paket komputasi umum.
• Plugin yang memungkinkan Avogadro untuk diperpanjang dan disesuaikan.
• Embedded interpreter Python.
• Terjemahan tersedia dalam 19 bahasa lebih, termasuk antar muka juga sudah bisa berbahasa Indonesia, tersisa hanya beberapa bagian saja yang belum dialihbahasakan.
• Cross-Platform: Molekul pembangun / editor untuk Windows, Linux, dan Mac OS X.
• Intuitif: Dibangun untuk dapat digunakan dengan mudah bagi mahasiswa dan peneliti lebioh lanjut.
• Cepat: Mendukung multi-threaded rendering dan komputasi.
• Extensible: Plugin arsitektur bagi pengembang, termasuk rendering, tool interaktif, perintah, dan skrip Python.
• Fleksibel: Fitur OpenBable yang dapat digunakan untuk impor file-file kimia lain, input untuk beberapa paket kimia komputasi, kristalografi, dan biomolekul. (http://urip.wordpress.com/2011/06/11/avogadro-software-kimia-gratis-untuk-edit-molekul/ )

Nah sekarang saya akan memberikan informasi tentang cara menggunakan aplikasi avogadro.

Pertama adalah buka aplikasi avogadro, maka akan muncul tampilan seperti dibawah ini.

Jika Background hitam kurang menarik bagi Anda, Anda bisa mengganti Background tersebut. Caranya adalah View menu → set background color. Pilih warnayang Anda kehendaki

Hasilnya :

Untuk memulai membuat bentuk molekul, cara yang pertama adalah klik tool settings. Maka akan muncul tampilna seperti di bawah ini.

Langkah selanjutnya adalah, pilih ball and stick pada display types. Dan tentukan molekul apa akan Anda gambar. Semisal saya inggin mencoba menggambar C3H8. Maka pada draw Settings, saya memilih atom pusat C, kemudian bond Order adalah single(karena ikatan di C3H8 adalah tunggal), kemudian check pada adjust Hydrogens. Gambar molekul pada lembar kerja.

Sudut yang terbentuk pada gambar diatas belum tepat, maka untuk mengetahui sudut ikatan yang tepat adalah klik pada “Auto Optimization Settings” dan klik Start.

Hasilnya adalah:

Kita bisa memodifikasi gambar yang sudah kita buat dengan menggunakan menu tools settings. Misal untuk memunculkan angka pada setiap atom,. Caranya hanya check pada label yang ada di Display types

Gambar di bawah adalah tampilan pada “Van der Waals Spheres”

Sedangkan untuk memunculkan sudut ikatan, caranya adalah klik pada gambar:

Read More»